L'informatique constitue le premier poste de coûts d'une fusion d'entreprise, devant les coûts sociaux. Ce coût représente en moyenne plus de 30 % du budget de l'opération.

Malgré cela, le temps consacré aux systèmes d'information lors des études de fusion et acquisition est très faible alors même qu'une des premières motivations de rachat d'entreprise est le système d'information du partenaire.

Au-delà de l'opération de rachat en elle-même, l'intégration informatique du nouvel ensemble est un élément déterminant de la collaboration des deux entités et donc de la réalisation des synergies recherchées par l'opération.

Une question importante est par exemple de savoir si l'un des deux systèmes d'information d'origine saura satisfaire aux exigences du nouvel ensemble, dans la mesure où il n'a pas été conçu initialement pour le nouvel ensemble, ou bien s'il faudra tout reconstruire.

[is value] évalue en expert les systèmes d'information avant la fusion pour évaluer les impacts de la fusion en fonction des objectifs et des synergies attendues. Ce travail est peu consommateur de temps et d'énergie, au regard des enjeux, mais il permet d'y voir plus clair sur les enjeux.

Ces enjeux sont rarement anticipés. Selon une étude d'Accenture en 2008 sur 400 opérations de fusions, celles qui ont créé le plus de valeur dans les 24 mois sont des entreprises qui avaient anticipé la question informatique.